Η σκέψη για την ίδρυση μίας ενιαίας Ομοσπονδίας Αγροτικού Ποδοσφαίρου, σε παγκύπρια βάση, λήφθηκε το 1972 με πρωτοβουλία των δύο Ομοσπονδιών των επαρχιών Λευκωσίας, της ΠΟΕΛ και της ΕΠΟΠΛ, που από κοινού κάλεσαν παγκύπρια σύσκεψη όλων των τότε οργανωμένων Ομοσπονδιών του Αγροτικού Ποδοσφαίρου στη Σκαρίνου. Το ενδιαφέρον ήταν καθολικό και στη σύσκεψη παρευρέθηκαν όλες οι Ομοσπονδίες.
Μετά από την εισήγηση των εκπροσώπων των δύο Ομοσπονδιών της Λευκωσίας, αποφασίστηκε όπως προωθηθούν οι διαδικασίες οργάνωσης και στη συνέχεια εξελέγη προσωρινό Διοικητικό Συμβούλιο. Αποφασίστηκε δε η ονομασία της με τα αρχικά Σ.Τ.Ο.Κ. (Συνομοσπονδία Τοπικών Ομοσπονδιών Κύπρου).
Στη συνέχεια ακολούθησαν τα θλιβερά γεγονότα του 1974 με τις γνωστές καταστροφές και το ξεριζωμό. Δεκάδες Σωματεία των επαρχιών Λευκωσίας, Κερύνειας, Αμμοχώστου και Λάρνακας, βρέθηκαν στην προσφυγιά και αρκετά διαλύθηκαν, ενώ η προσπάθεια για λειτουργία της ΣΤΟΚ σύμφωνα με την απόφαση του 1972 κατέστη δύσκολη.
Στις 4.4.1977 με πρόσκληση του ΚΟΑ, επί προεδρίας του κ Κίκη Λαζαρίδη, προς όλους τους Προέδρους των Ομοσπονδιών που εκπροσωπούσαν το Αγροτικό Ποδόσφαιρο, αφού επανεξετάστηκε η δημιουργία της ΣΤΟΚ, ομόφωνα υπογράφηκαν τα σχετικά έγγραφα της οριστικής ιδρυτικής πράξης, και στη συνέχεια εξελέγη το πρώτο Διοικητικό Συμβούλιο που το αποτελούσαν οι ακόλουθοι:
Ουράνιος Ιωαννίδης – Πρόεδρος – ΑΠΟΕΣΠ
Οδυσσέας Μιλτιάδους – Αντιπρόεδρος – ΕΠΟΛ
Ρένος Πιπερίδης – Γενικός Γραμματέας – ΠΟΕΛ
Χαράλαμπος Κουκουλαρίδης – ΄Εφορος – ΠΑΟ (ΠΑΝΣΟΛΕΙΟΣ)
Νίκος Γρηγορίου – Ταμίας – ΕΠΟΠΛ
Κωστάκης Μαραγκός – Μέλος – ΟΠΝ ΣΕΚ Λάρνακας
Άντρος Αγγελίδης – Μέλος – ΠΑΑΟΚ
Κωστάκης Αντρέου – Μέλος – ΠΟΑΣΠ
Γιώργος Ξιαρής – Μέλος – ΠΟΕΠΑ
Αντρέας Μηνά – Μέλος – ΕΠΕΛ
΄Εκτοτε η ΣΤΟΚ είναι ο επίσημος φορέας του Αγροτικού Ποδοσφαίρου. Οι Ομοσπονδίες μέλη της διατηρούν την αυτοτέλεια τους και διεξάγουν τα Πρωταθλήματα τους, ενώ έχουν τους δικούς τους εσωτερικούς κανονισμούς.
Η ενοποίηση όλων των Ομοσπονδιών κάτω από τη ΣΤΟΚ, αποτελεί χωρίς αμφιβολία τη μεγαλύτερη αθλητική κοινωνία, την οποία αποτελούν τώρα 12 Ομοσπονδίες, με την προσθήκη στη δύναμη της, της ΑΟΚΝΕΛ το 1979 και της ΠΟΑΛ το 1983.
Η ΣΤΟΚ έχει στη δύναμη της σήμερα περίπου 230 ενεργά Σωματεία παγκύπρια και διεξάγει πέραν των Πρωταθλημάτων των οικείων Ομοσπονδιών άλλα τρία Πρωταθλήματα. Το Πρωτάθλημα Πρωταθλητριών, το Κύπελλο Κυπελλούχων και το Παγκύπριο Πρωτάθλημα Πρωταθλητριών Ακαδημιών. Το Πρωτάθλημα ΄Ενταξης, από την προηγούμενη χρονιά διεξάγεται πλέον από την ΚΟΠ και με βάση τη συμφωνία ΣΤΟΚ-ΚΟΠ το 1983, εντάσσει ομάδες της ΣΤΟΚ στη δύναμη της, στην Δ΄ Κατηγορία.
Πέραν του Διοικητικού Συμβουλίου, που είναι ο οργανωτικός κορμός της Συνομοσπονδίας, η ΣΤΟΚ έχει άλλες 3 επιτροπές. Τη Δικαστική Επιτροπή, η οποία εκδικάζει υποθέσεις είτε ως πρωτοβάθμιο Δικαστήριο είτε ως δευτεροβάθμιο Δικαστήριο, την Ανώτατη Δικαστική Επιτροπή του Αγροτικού Ποδοσφαίρου, η οποία εκδικάζει Αθλητικές Διαφορές και δίνει γνωματεύσεις και την Επιτροπή Διαιτησίας, η οποία ορίζει τους διαιτητές στα Πρωταθλήματα της ΣΤΟΚ.
Η Συνομοσπονδία συντηρείται και λειτουργεί αποκλειστικά με τη χορηγία του ΚΟΑ που δίνεται κάθε χρόνο. Προς τα Σωματεία μέλη της ΣΤΟΚ δίνεται κάθε χρόνο, εδώ και λίγα χρόνια μετά από αρκετούς αγώνες, ένα συμβολικό ποσό για το κάθε ένα, που σίγουρα δεν καλύπτει ούτε τις βασικές ανάγκες τους. Δεν είναι τυχαίο το γεγονός ότι κατέστη αναγκαία και η λειτουργία Ακαδημιών Ποδοσφαίρου από τα αγροτικά Σωματεία, αφού ένας πολύ μεγάλος αριθμός παιδιών και εφήβων θέλουν να ασχολούνται με το πιο δημοφιλές άθλημα, που είναι το ποδόσφαιρο, το οποίο στον τόπο μας αποτελεί σήμερα τον πιο μαζικό αθλητισμό, από τον οποίο τα οφέλη για τη νεολαία μας και κατ΄ επέκταση την Κυπριακή κοινωνία είναι τεράστια. Για να διατηρηθούν όμως τα Σωματεία αυτά χρήζουν ουσιαστικής οικονομικής αρωγής από διάφορους φορείς. Στόχος της ΣΤΟΚ είναι να αποταθεί σε όλους τους αρμόδιους φορείς και να προσπαθήσει να πετύχει την έγκριση της χορηγίας που της αναλογεί, με βάση τη δυναμικότητα της σε Σωματεία παγκύπρια και τις αρχές της για υγιή απασχόληση της Νεολαίας. Το έργο που έχει να επιτελέσει η ΣΤΟΚ είναι πολύ σοβαρό, αφού προσπαθεί να κρατήσει τους νέους μακριά από τα ναρκωτικά, την εγκληματικότητα και καλύπτει αθλητικές αλλά και πολιτιστικές δραστηριότητες.
Η ΣΤΟΚ από τον Νοέμβριο του 2006 έχει εγκατασταθεί στα μόνιμα γραφεία της στο Ολυμπιακό Μέγαρο και απασχολεί δύο υπαλλήλους.
Από τις 15.9.2011 η ΣΤΟΚ ως οντότητα, με τις 12 Ομοσπονδίες μέλη της και τα 230 περίπου Σωματεία της, μετά από ομόφωνη απόφαση εντάχθηκε στη δύναμη της ΚΟΠ.
